Nadat in 1881 de nieuwe RK kerk van de Heiligen Cyriacus en Fransiscus aan het Grote Noord in Hoorn was voltooid werd aan Michaël Maarschalkerweerd de opdracht gegeven om een nieuw groot tweeklaviers orgel met vrij pedaal te bouwen. Daarbij mocht hij naar believen pijpwerk uit het orgel uit de voormalige schuilkerk van de H. Fansiscus gebruiken. Dat orgel was in 1792 gebouwd door Johann Gerstenhauer en achtereenvolgens verbouwd door Dirk Sjoerds Ypma en Matthias van Dinter, tot het rond 1880 samen met de schuilkerk werd gesloopt om plaats te maken voor nieuwbouw. De kast van het nieuwe orgel werd door de Gebr. Euler uit Emmerik geleverd. Het front, door de architect van de kerk, A.C. Bleys ontworpen, is het eerste in ons land dat een open pijpopstelling heeft.
In december 1882 werd het orgel opgeleverd. En ook dit orgel zou niet aan de verandering van smaak ontkomen. Sterker nog, in 1937 vond door de firma Bernard Pels & Zn. een flinke ombouw plaats. Het Positief werd uit de kast gehaald en in een aparte zwelkast rechts van het orgel geplaatst. Romantische registers zoals de Prestant 16'(HW), de Salicet 4'(Pos), Euphoon 8'(Pos, nog van Van Dinter uit het vorige orgel) en de Prestant 8'(Ped) maakten plaats voor meer barokke registers als respectievelijk Kwint 3', Terts 1 3/5', GieseckeTrompet 8' en Prestant 4'. Ook de mechanische tractuur (aansturing van het orgel) verdween en maakte plaats voor een elektropneumatische tractuur met 2 speeltafels; één boven bij het orgel en één beneden aan de andere kant van de kerk.
De klankwereld van het orgel was verstoord. Door het verdwijnen van de Prestant 16' was de basis van de klankopbouw verdwenen en ook de Terts op het Positief was niet bepaald een gelukkige keuze. Bovendien begon met de loop der jaren de tractuur steeds meer mankementen te vertonen, evenals de windvoorziening. Eind jaren 90' van de vorige eeuw was het spelen met vol werk onmogelijk vanwege de vele lekken en was het bovendien gokken welk register het wel of niet deed. Al met al genoeg reden voor een grondige restauratie, die eind 2001 door Flentrop Orgelbouw werd voltooid. De mechanische traktuur werd hersteld, evenals de verdwenen registers. Alleen de Echo Trompet 8' (Giesecke) van het Positief bleef gehandhaafd.

Hieronder de huidige dispositie van het orgel. Registers met (*) bevatten pijpwerk dat ouder is dan 1882.